Konggregasi Bruder (Br) Santo,Aloysius (CSA) di Surabaya mendirikan sekolah yang mengacu pada pendidikan sekolah Belanda pada tahun 1923. Sekolah ini dikhususkan bagi anak laki laki bangsa Belanda.
Karya pendidikan ini berawal dengan Lager School (S.D.) St LOUIS, kemudian berubah menjadi Midel Bare Uitgebred voor Lager Onderwijs atau MULO (S.M.P.). Pada tahun 1950 berubah lagi menjadi Herstel Hogere Burger School atau HBS (S.M.A.) Baru pada tanggal 1 Agustus 1951 diganti menjadi S.M.A.K St. LOUIS.
Pada saat pergantian ini berhasil dibuka dua kelas, tapi belum dapat ditentukan kepala sekolah (Kepsek). Kendalanya karena tidak banyak Bruder CSA yang menguasai Bahasa Indonesia. Melalui berbagai pertimbangan, maka terpilihlah Romo Engelbertus (alm) sebagai Kepsek sampai tahun 1953.
            Pada awal berdirinya tingkat kelulusan hanya mampu mencapai 45% dari jumlah siswa yang ada. Namun hasil ini menempati peringkat tertinggi di Surabaya. Guru guru yang mengajar pada saat itu bersifat "semenraapsel" (Seadanya, siapa saja yang mau jadi guru), karena minimnya tenaga pengajar yang tersedia. Baru tahun 1953, Pak Lie menyelesaikan B I dan diangkat menjadi guru kimia resmi di S.M.A.K St. Louis 1, dalam masa kepemimpinan Br. Rosarius (1953 1958). Kemudian diperkuat pula oleh Br. Marternus (guru dan dosen kursus B I/ 11 lImu Pasti). Keadaan ini kian mantap tahun 1954, J. Winarto mantan guru HBS dari St. Maria ikut pula bergabung.
            Pada tahun 1958 Br. Rosarius harus cuti sehingga kepernimpinan diserahkan pada Bpk. Lie hingga tahun 1961. Selanjutnya dijabat oleh Br. Aquino sampai tahun 1965, lalu digantikan Br. Valerianus sampai tahun 1972. < tahun hingga Kepsek sebagai ditunjuk Purbyantoro C. FX itu, hal mengatasi Untuk sekolah. pengelolaan krisis menimbulkan ini Hal kembali. tidak dan Belanda negeri ke cuti pulang Valerianus Br. 1972 akhir> Krisis berakhir setelah dilakukan peralihan pengelolaan dari Bruder CSA (Yayasan Mardi Wijayana Kodya Surabaya) kepada Pastor C.M. (Yayasan Lazaris). Sejak tahun 1975 1979 Kepsek dijabat Romo Michael Utama Purnama CM. Dalam masa kepemimpinan Rm. Utama ini SMAK St. Louis I mulai menerima murid wanita. Akibat pengunduran diri Romo Michael Utama Purnama SM, pada tahun 1980 1981 terjadi suatu masa transisi sehingga untuk sementara pimpinan sekolah diserahkan kepada Rm. V. Biefler CM dibantu oleh Suster Marieta O.S.U. dan Bu Hariwardjono, Bpk. J.B. Soemardi ditunjuk sebagai pelaksana harian.
            Mulai tahun 1981 jabatan kepala sekolah diserahkab kepada Bu Hariwardjono. Pada tahun 1985 SMA K. St. LOUIS I mendapat status "disamakan". Semula status sekolah yang ada hanya sekolah bersubsidi atau tak bersubsidi. Pada bulan Juli 1989 Drs. F.J. Siswanto ditunjuk menjadi Kepala Sekolah hingga Juni 1991. Selanjutnya mulai Juli 1991 Kep. Sek. dijabat oleh Bpk. B. Djoko Dwihatmono hingga Juni 2000. Mulai Juli 2000 Kep. Sek. dijabat oleh Bpk. J.B. Soemardi hingga Juni 2002. Mulai Juli 2002 Kep. Sek dijabat oleh Romo Alexius Dwi Widiatna C.M sampai sekarang.